เมื่อวันที่ 25 กรกฎาคม พ.ศ. 2559 ปรากฏข่าวทางสื่อมวลชนว่ามีภาพนายแพทย์เปรมศักดิ์ เข้าพิธีสู่ขอนักเรียนหญิงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 5[5] ซึ่งนำไปสู่กรณีพิพาทกับสื่อมวลชนโดยเขาถูกสื่อมวลชนแจ้งความตามความผิดประมวลกฎหมายอาญา กักขัง หน่วงเหนี่ยว[6] และเขาแจ้งความสื่อมวลชนด้วยเช่นเดียวกัน ฐานบุกรุกและละเมิดสิทธิ์[7]

ในวันที่ 25 สิงหาคม พ.ศ. 2559 ได้มีการเผยแพร่คำสั่งหัวหน้า คณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 50/2559 อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 44 ของ รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว) พุทธศักราช 2557 พักงานนายแพทย์เปรมศักดิ์ในฐานะนายกเทศมนตรี เทศบาลเมืองบ้านไผ่ โดยไม่พ้นจากตำแหน่งจนกว่าจะมีคำสั่งเปลี่ยนแปลงพร้อมกับ หม่อมราชวงศ์สุขุมพันธุ์ บริพัตร ที่ถูกพักงานในฐานะ ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร [8]

วันที่ 21 มิถุนายน 2561 ศาลจังหวัดพล อำเภอพล จังหวัดขอนแก่น ได้อ่านคำพิพากษาคดีที่สื่อมวลชน จังหวัดขอนแก่น 5 คน เป็นโจทก์ฟ้อง นายแพทย์ เปรมศักดิ์ เพียยุระ อดีตนายกเทศมนตรีเมืองบ้านไผ่ จำเลยที่ 1 และ ว่าที่ร้อยตรี บัวทอง โลขันธ์ อดีตเลขานุการนายกรัศมนตรีเมืองบ้านไผ่ จำเลยที่ 2 ในข้อกล่าวหากระทำอนาจารต่อหน้าธารกำนัน จับผู้สื่อข่าวแก้ผ้า ขณะเข้าไปสอบถามหลังมีภาพ นายแพทย์ เปรมศักดิ์ นั่งคู่สาววัยรุ่นคล้ายกำลังเข้าพิธีแต่งงาน เมื่อวันที่ 26 พฤษภาคม 2559 ภายในห้องปฏิบัติราชการนายกเทศมนตรีเมืองบ้านไผ่ อ.บ้านไผ่ จ.ขอนแก่นโดยทางศาล ได้มีคำพิพากษาจำคุก นพ.เปรมศักดิ์ และ ร.ต.โพธิ์ทอง คนละ 2 เดือน โดยไม่รอลงอาญา ภายหลังศาลได้ให้ประกันตัวจำเลยทั้งสองด้วยหลักทรัพย์คนละ 120,000 บาท โดยทนายได้นำหลักทรัพย์เป็นโฉนดที่ดินยื่นประกันตัว โดยทั้งนี้ ศาลได้ให้โจทก์สามารถยื่นอุทธรณ์ได้[9]

ทนายความฝ่ายโจทก์ เปิดเผยว่า ศาลจังหวัดพล จ.ขอนแก่น ได้ส่งหนังสือมายังฝ่ายโจทก์ โดยแจ้งว่า นพ.เปรมศักดิ์ จำเลยที่ 1 และ ร.ต.บัวทอง ที่ 2 ได้ยื่นคำร้องขอรับสารภาพผิดตามฟ้องตลอดข้อกล่าวหา และให้ยกเลิกหมายนัดการฟังคำพิพากษาของศาลอุทธรณ์ภาค 4 ในวันที่ 22 กรกฎาคม 2562 โดยการรับสารภาพผิดตามฟ้องเป็นการรับสารภาพในชั้นอุทธรณ์[10]